Anwar Fazal dilahirkan pada 15 Julai 1941 di Sungai Bayor, Selama, Perak, Malaysia.Beliau anak sulung daripada 7 adik-beradik (3 lelaki dan 4 perempuan). Keluarganya berpindah ke bandar Taiping (1942) kerana kegawatan Perang Dunia II. Keluarganya menjalankan perniagaan 'Fazal Mohamad Brothers' di 112 Main Road, Taiping (kini berpindah ke 111 Chulia Street, Pulau Pinang, Malaysia).

Beliau belajar di Sekolah King Edward VII, Taiping (1958); Penang Free School (sekolah yang tertua di Malaysia 1816). Ketika di sekolah, beliau bermain kriket, ragbi, hoki dan acara olahraga. Beliau memegang rekod sekolah bagi larian setengah batu dan satu batu bagi Negeri Pulau Pinang rekod untuk 1500 meter.

Beliau terpilih menjadi Presiden Persatuan Pelajar Universiti Malaya dan Kesatuan Kebangsaan Pelajar Malaysia. Pada tahun 1964, beliau menerima Pingat Emas sebagai pelajar terbaik UM. Anwar belajar di Universiti Malaya jurusan Ekonomi dan Pendidikan.